As origens de Penacova perdem-se no tempo, no entanto a raiz pré-romana do seu topónimo – Pen, aponta para a época da cultura castreja. Por outro lado, a lápide encontrada na sacristia da Igreja Matriz, datada do século I, testemunha a implantação da romanização e a ascendência céltica dos seus habitantes.
Acerca da antiguidade desta “Vila”, na “Memória Histórica Corográfica do Distrito de Coimbra”, lê-se o seguinte: “Eis ahi uma das povoações mais antigas de Portugal, senão que da península; dil-o o seu proprio nome, derivado do «Pen» cantabrico, que soa como «rapes» ou «mons praeruptus» no latim; «pena» no hespanhol e no portuguez como «penha» ou «monte escarpado»; pois que n´estes taes edificavam os primeiros habitadores de Hespanha suas povoações acasatelladas. A três grandes léguas ao NE de Coimbra; sobre uma montanha, cujos pés lava o Mondego, está situada esta nobre, se bem decrépita villa, patenteando nas ruínas de seus edifícios, que a sua edade áurea já a encobrem os séculos, que volveram.
O título de «vila» é nélla muito antigo. Afirma-se que teve castello, e até ainda se pretendem descriminar os seus fregmentos no escarpado monte, que lhe fica ao sul (onde hoje vemos a Igreja), que se precepita por forma sobre o rio Mondego, que quai parece impossível o pecorrer-se o seu declive; e não obstante isso acha-se povoado de formosas oliveiras.”

Vila Cova

Século X
No século X, identificava-se certamente, com Vila Cova referida em documentos do Mosteiro de Louvão, a propósito de um litígio ocorrido entre os frades e os habitantes do Casteli, sobre a demarcação de limites territoriais, resolvido em 936.“Já no século XVIII, Fr. Manuel da Rocha esclarecia que duas Vilas Covas junto ao Mondego, dos documentos do sec. X, uma era Penacova, outra lhe ficava na parte meridional. Dr. Rui de Azevedo renovou o estudo dos documentos. Continuam todavia difíceis de identificar outros lugares adjacentes.

No  ano de 936 foi feita uma demarcação entre as duas Vilas Covas e Alquinitia.
Fundou-se no fim deste sec. X, um pequeno mosteiro, de vida efémera, numa daquelas Vilas.

Mosteiro da Vacariça

1036
Sob o novo domínio muçulmano, em 1036, Natalia e a filha Palmela doaram ao mosteiro de Vacariça uma casa que se encontrava no meio do castelo de Penacova, para ai ser construída uma igreja em hora dos santos Apóstolos Pedro, Paulo e Tomé.

Demarcação

1105
Na segunda reconquista, no tempo do Conde D. Henrique e de D. Teresa, ano de 1105, fez-se nova demarcação entre os homens do castelo de Penacova e o mosteiro laurbanense. No ano de 1097 o presbítero Pedro tinha aqui comprado uma casa para albergaria dos pobres, enfermos e peregrinos”.

Foral

1192
Conforme se verifica, os documentos medievais referentes a Penacova mencionam fundamentalmente o seu castelo que, actualmente, já não existe. Este localizava-se no morro a nascente da Vila, em posição de grande valor estratégico, a dominar todo o Rio. Tendo sido levantada entre os séculos IX e X, esta praça-forte desempenhou um importante papel nas refregas contra os mouros. Sobre essas lutas medievais, pouco se conhece, no entanto, acredita-se que deva ter sofrido alguns reveses, pois que a Vila acabaria por ter de ser repovoada por D. Sancho I, que, para o efeito, lhe atribuiu Foral em 1192, confirmado em 1219 por D. Afonso.

No foral do Povoador, permite-se que os cavaleiros e peões façam cubas e casa dentro do castelo. Não obstante, uma vez que a reconquista avançou para sul, a velha fortaleza perdeu toda a sua importância estratégica.

Novo Foral

1513

D. Manuel deu novo foral à Vila em 31 de Dezembro de 1513.
Como Penacova era uma bonita e importante Vila, foi integrada no dote de casamento da infanta D. Maria, filha de D. Afonso IV, com Fernando de Aragão. Porque enviuvou cedo, quando a infanta regressou a Portugal deu o senhorio da Vila a um dos homens da sua corte, Nuno Fernando de Cordovelos. Pela descendência deste fidalgo, foram também donatários de Penacova os Contes de Odemira e, posteriormente, os Duques de Cadaval.
Core o advento do século XVII, chegaram ventos de renovação e de desenvolvimento, A esta era remontam elevação de Penacova a Concelho (1605), em termos administrativos, e a erecção de algumas interessantes habitações, no que diz respeito ao enriquecimento o seu património monumental. Apesar de a segunda metade do século XVIII e os princípios do XIX terem resu1tado numa época de regressão, as reformas administrativas de finais de oitocentos, que incorporaram no Concelho freguesia do termo de Coimbra e de municípios extintos, trouxeram-lhe novo alento.
“A indústria principal do Concelho é a navegação do Mondego, a que se entrega grande parte dos seus naturaes, conduzindo do centro da província para Figueira da Foz, ou d’esta para aquelle, particularmente estes géneros: – sal, milho, vinho, azeite, lenha, além doutros effeitos. Mas os moradores de Louvão, homens, mulheres e creanças são talvez o povo único do paiz, que se dedica á pequena industria do fabrico dos palitos e á sua exportações para as diversas cidades do reino, donde passam mesmo aos mercados extranhos”. (cf. “Memorias Histórica-Corográfica do distrito de Coimbra”)

Topónimo

O topónimo “Penacova” deriva da aglutinação dos elementos “Pen” – vocábulo cantábrico que originou a palavra portuguesa penha (monte, rochedo) – e “Cova”, que deriva do facto da eminência rochosa se erguer de um vale profundo. A explicação popular atribui o nome da vila à existência de muitos corvos na Penha dos Corvos evocando para justificação os dois corvos que figuram no brasão de armas da vila.

Arquitetura Civil

 Vila antiga assenta no colo que liga o morro do castelo ao monte, sendo formada essencialmente por uma rua que segue a linha do cume. Por isso, as construções ficam obrigadas a comprimirem-se. Da Matriz em diante, registam-se as seguintes habitações:
Numa rua transversa, destaca-se uma janela de verga rebaixada e recortada, manuelina; e uma porta pela parte de trás, de verga igualmente rebaixada e recortada, também manuelina.
Uma casa do século XVIII, de duas sacadas de verga com friso e cornija.
Uma outra, actual sede da Junta de Freguesia, com capela do século XVIII, mostra uma sacada e uma porta de arestas arredondadas, do século XVII, e janelas de avental recortado e balcão de pilares, um conjunto pitoresco, porém singelo.
Sobre a porta duma casa incaracterística, destacam-se dois brasões da centúria de quinhentos, manuelinos, posto e par, deslocados de outro ponto, à esquerda o da nação, com coroa quebrada e, á direita, o da Vila. Sobre este, colocaram ainda uma pequena cornija com a inscrição do ano 1609.
Perto do cruzeiro, ao fundo da Vila, salienta-se uma casa do século XVII, de cunhais e cimalhas de cantaria, sacadas de verga direita, com friso e cirmalha, janelas de avental rectangular. Nalgumas destas casas, repletas de tradição pitoresco, estão instalados o Museu “Casa da Freira”, o Tribunal e a Câmara Municipal.